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Séquençage de l'ARNm pour l'analyse de l'expression différentielle des gènes

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Description

Utilisez le séquençage de l'ARNm pour :

  • Comparer des profils d'expression génétique obtenus dans des conditions différentes
  • Étudier les profils génétiques du niveau de la transcription à celui de la voie de transmission

Considérations avant de commencer un projet de séquençage d'ARNm :

  • Enrichissement en poly(A) ou ribo-dépletion ?
  • Profondeur de séquençage (sensibilité) ?
  • Réplicas (indice de confiance) ?
  • Organisme modèle ou pas de génome de référence disponible ?
  • Complexité de la bibliothèque ?

Exemples de projets utilisant le séquençage de l'ARNm :

  • Études des protéines fonctionnelles et des voies moléculaires
  • Des changements dans l'expression des gènes provoqués par une maladie
  • Expériences liées à la perte, le gain ou au rétablissement d'une fonction
  • Partie d'un projet de caractérisation en sciences omiques
  • Changements fonctionnels dus aux interactions entre les espèces
  • Découverte de nouveaux gènes ou d'ARN régulateurs non codants
  • Détection des variants d'ARN
  • Tests de médicaments

Demandes relatives au séquençage de l'ARNm :

  • Génération du transcriptome de référence
  • Shotgun métatranscriptomique
  • Séquençage de petits ARN
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