Génotypage et analyse de fragments

Microsynth propose des ensembles de services complets pour les analyses de la longueur des fragments, y compris l'analyse des données. Que votre application soit un simple service de routine ou un projet de R&D plus complexe, Microsynth peut vous aider.

Les applications qui peuvent être couvertes par l'analyse de la longueur des fragments sont les suivantes :

Analyse des Microsatellites (STR) :Short tandem repeats (STRs), également appelées microsatellites, sont des loci d'ADN polymorphes présents dans tout le génome, constitués de séquences de nucléotides répétées (jusqu'à 6 bases ou plus). Dans une analyse STR typique, les loci de microsatellites sont amplifiés par PCR en utilisant des amorces sens marquées par un fluorophore et des amorces antisens non marquées. La séparation se fait par électrophorèse sur gel capillaire. Les principales applications sont les suivantes : 

• Authentification des lignées cellulaires
• Génotypage humain, animal et végétal
• Linkage mapping
• Sélection d'animaux/plantes
• Sous-typage des agents pathogènes
• Diversité génétique
• Instabilité des microsatellites
• Perte d'hétérozygotie (LOH Loss of heterozygosity)
• Répétition de séquence inter-simple (ISSR Inter?simple sequence repeat)
• Analyse des variantes multilocus (MLVA Multilocus Variant Analysis)
• Test de paternité
• Génétique des populations

Empreintes Génétiques: Amplified fragment-length polymorphism (AFLP) est une méthode d'investigation d'empreinte génétique qui utilise la digestion de l'ADN par des enzymes de restriction, suivie de l'amplification sélective d'un sous-ensemble de fragments et de la séparation par électrophorèse sur gel capillaire. Les principales applications sont les suivantes : 

• Typage du génome microbien
• Typage du génome animal ou végétal
• Création de cartes génétiques pour de nouvelles espèces
• Diversité génétique et études de phylogénie moléculaire
• Création de groupes liés génétiquement (linkage group) entre les croisements

Génotypage SNP: Les SNP (polymorphismes d'un seul nucléotide, single nucleotide polymorphisms) ou mutations ponctuelles sont les variations génétiques les plus courantes déterminant en grande partie la diversité phénotypique entre les individus. Les SNP se produisent environ une fois toutes les 100 à 300 bases et peuvent être détectés par différentes techniques telles que RFLP, SSCP, le séquençage, ou dans le cas d'analyse de la longueur des fragments par: 

• L'analyse du multiplexage du SNaPshot

Quantification de la Fluorescence Relative: Les applications de la fluorescence relative comparent la hauteur ou la surface des pics entre deux échantillons. Les techniques courantes comprennent notamment la PCR par fluorescence qualitative (QF) et l'amplification multiplex de sondes liaison-dépendantes (MLPA Multiplex Ligation?dependent Probe Amplification). Les principales applications sont les suivantes : 

• LOH, Loss of heterozygosity, dans les échantillons de tumeurs
• Variation du nombre de copie (CNV Copy Number Variation)
• Détection de l'aneuploïdie

Remplacement de l'Électrophorèse Manuelle sur Gel: L'électrophorèse sur gel reste la procédure de laboratoire standard pour séparer l'ADN par taille (par exemple, longueur en paires de bases) pour la visualisation et la purification. Ainsi, vous pouvez déterminer la longueur approximative d'un fragment d'ADN en le faisant migrer sur un gel d'agarose avec un étalon. Cependant, il y a aussi des limites. Tout d'abord, il n'existe pas de méthode permettant de calculer avec précision la taille des fragments, même avec une échelle de taille. Deuxièmement, le multiplexage n'est pas possible lorsque les tailles des produits issus de plusieurs paires d'amorces (marqueurs) sont similaires. Enfin, les gels d'agarose n'ont pas la capacité de résolution que l'électrophorèse capillaire possède (la capacité de résolution de l'analyse capillaire des fragments est de 1 paire de base).
C'est pourquoi un nombre croissant de scientifiques ont remplacé l'approche manuelle par l'analyse automatique des fragments. Des fournisseurs de services tels que Microsynth offrent des services d'analyse de fragments rapides et fiables à des coûts abordables. Deux à trois jours ouvrables plus tard, les données traitées (taille des fragments, intensité du signal) sont renvoyées au client sous forme électronique (prête à être publiée).