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Métagénomique des Amplicons - 16S/ITS

analyse métagénomique

Visuel deMétagénomique des Amplicons - 16S/ITS analyse métagénomique
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Description

Considérations avant de lancer un projet de métagénomique des amplicons :

  • Quelle paire d'amorces spécifiques répond à vos questions ?
  • Quelle est la longueur de l'amplicon ?
  • Quelle est la profondeur de séquençage ?
  • La quantité d'échantillons ?
  • La complexité des échantillons ?
  • Protocole expérimental expérimental, répétitions et conditions ?

Exemples de projets utilisant la métagénomique des amplicons :

  • Détecter les changements de la communauté bactérienne intestinale en fonction de la nutrition
  • Étudier la diversité génétique des archaebactéries dans les environnements de cheminées hydrothermales en eaux profondes
  • Observer les changements de communauté dans un bioréacteur
  • Caractériser les spores fongiques de l'air

Applications liées à la métagénomique des amplicons :

  • Métagénomique shotgun
  • Métatranscriptomique shotgun
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