Comment Effectuer le traitement des échantillons de matières fécales en vue d'extraire l'ADN
Les échantillons de matières fécales présentent une complexité due à la présence d'une diversité de micro-organismes, de grandes molécules, de métabolites et de matières non digérées. La composition des selles est influencée par divers facteurs tels que le régime alimentaire et l'état de santé de l'individu, ce qui rend ces échantillons intrigants à examiner.
Quand on travaille avec des échantillons complexes, il est crucial que le processus d'homogénéisation et de lyse soit efficace pour assurer une représentation précise de la communauté microbienne lors des analyses ultérieures.
L'utilisation de billes de battage se révèle essentielle pour une lyse complète des bactéries Gram-positives. Comparativement aux méthodes sans l'utilisation de billes, cette approche peut améliorer à la fois le rendement et la qualité de l'ADN génomique extrait.
En sélectionnant la matrice appropriée et en adoptant le protocole de lyse adéquat, il est possible d'obtenir une représentation microbienne précise. Cela non seulement renforce la précision des résultats, mais aussi accélère le traitement des échantillons.
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1.Choisir la matrice de lyse adéquate
Les matrices de lyse présentent des variations en termes de composition, de forme et de taille, ce qui détermine leur degré d'agressivité. Les échantillons fécaux, étant mous et majoritairement constitués de micro-organismes et d'eau, requièrent une matrice de lyse modérée. Les billes moins agressives se caractérisent par leur faible densité, leur texture "molle", leur forme sphérique et leur petite taille.
Voici quelques matériaux de billes couramment utilisés pour le traitement des échantillons de selles :
- Céramique
- Silice
- Verre
- Une combinaison des éléments ci-dessus (souvent privilégiée en raison de la complexité inhérente aux échantillons fécaux)
La matrice de lyse de type E de MP Bio comprend des sphères de céramique d'un diamètre de 1,4 mm, des sphères de silice de 0,1 mm et des billes de verre de 4 mm. Cette combinaison s'est avérée efficace pour le traitement des échantillons de selles ainsi que d'échantillons environnementaux (comme le sol, les sédiments marins et les eaux usées). Il est essentiel de choisir le récipient approprié en fonction de la taille et de la quantité de l'échantillon à traiter.
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2.Utiliser votre matrice de lyse
Utiliser la matrice de lyse pour le traitement des échantillons de selles revêt une importance capitale dans diverses applications pratiques et domaines de recherche, notamment :
- Identification des bactéries.
- Analyse métagénomique du microbiome intestinal.
- Extraction d'ADN parasitaire à partir d'échantillons fécaux.
- Analyse médico-légale.
Le protocole spécifique que vous adoptez dépendra de votre application et des expériences ultérieures que vous menez. Néanmoins, plusieurs principes clés restent constants lorsque vous recourez à la Matrice de Lyse E.
Vous avez la possibilité de homogénéiser des échantillons de selles fraîches ou congelées. Cependant, il est important de noter que plus la teneur en eau est élevée, plus il y aura de cristaux de glace formés, ce qui pourrait compromettre l'intégrité de l'ADN.
Pour obtenir une homogénéisation complète, rapide et reproductible, il est recommandé d'utiliser un système de battage de billes spécialisé, par exemple, les instruments FastPrep. Cela facilitera grandement votre flux de travail. De plus, pour rationaliser davantage votre processus, il est envisageable d'opter pour un kit spécialement conçu pour les échantillons fécaux. Cette démarche vous permettra de bénéficier des avantages du battage des billes. Des exemples de tels kits comprennent le kit FastDNA TM Spin pour les matières fécales et le kit FastDNA TM Spin pour le sol de MP Bio.
